Паром "Эстония" был построен в Германии на судоверфи Meyer Werft в 1980 году.
На пассажирской линии Таллин — Стокгольм "Эстония" начал использоваться с июня 1990 года. На момент крушения судно принадлежало эстонско-шведской фирме "Эстлайн-Эстония". Судно совершало по три рейса в неделю. Время в пути составляло 14 часов.
27-28 сентября 1994 года "Эстония" совершала рейс "Таллинн — Стокгольм". В 01:15, когда паром находился в районе архипелага Турку, у него оторвался так называемый визор, закрывающий носовые ворота. На грузовую палубу хлынули тонны воды. Судно резко накренилось на правый борт и около 01:50 паром затонул. После того, как в 01:20 была объявлена тревога, у пассажиров было около 15-20 минут, чтобы попасть на верхнюю палубу, сесть в шлюпки или на надувные плоты и спастись. Многие из тех, кому удалось покинуть тонущее судно, позже умерли от переохлаждения.
На современных навигационных картах указано место гибели парома 59°22? с. ш. 21°40? в. д.
В катастрофе погибли 852 человека, спаслись 137. Среди погибших 501 гражданин Швеции, 284 эстонца и 10 финнов. Помимо них на судне также были пассажиры из России, Канады, Германии, Белоруссии и Литвы.
Для расследования причин катастрофы была сформирована совместная шведско-финско-эстонская комиссия. В 1997 году официальной причиной гибели парома были названы конструктивные недостатки судна и плохие погодные условия в момент совершения "Эстонией" рейса. Однако в Швеции и Эстонии многие сразу же поставили под сомнение эту версию.
Высказывались предположения, что паром мог пойти на дно из-за взрыва на борту, столкновения с подводной лодкой или действий преступников, затопивших паром, чтобы скрыть перевозку контрабандного груза.
Для того, чтобы окончательно установить причину гибели, неоднократно предлагалось поднять остатки судна. Однако эти инициативы не нашли поддержки у официальных властей Эстонии и Швеции. Подписанное Эстонией, Финляндией и Швецией в 1995 году международное соглашение запретило проводить какие-либо исследования на месте гибели судна. Позже к договору присоединились Россия, Дания, Латвия, Литва, Польша и Великобритания.
В конце августа 2000 года тележурналисты одной из немецких телекомпаний и американский предприниматель Грек Бэмес организовали экспедицию к месту, где затонул паром. Прежде всего, журналисты изучали состояние парома ниже ватерлинии. Во время работы под водой водолазы также впервые взяли пробу металла с обшивки парома. Она были направлена для исследования в несколько независимых институтов Германии и США. По однозначному заключению и германских, и американских институтов, на борту "Эстонии" произошел взрыв. Эти данные подтвердил и авторитетный английский эксперт, который обобщил результаты всех четырех проведенных анализов.
Позже в выводах официальной комиссии усомнилась и исследовательская группа германской судоверфи Meyer Werft, где был построен паром. Группа заявила, что технический уход за судном не велся на должном уровне и паром мог затонуть из-за неверно выбранной скорости, теракта или неумелых действий экипажа. В 2001 году директор компании Вернер Гуммель заявил, что располагает доказательствами того, что судно, "без сомнения, стало объектом террористического акта".
В конце 2004 года бывший начальник морской таможни стокгольмского порта Фрихамнен Леннарт Хенрикссон в передаче шведского телевидения заявил о том, что на борту затонувшего парома в день его гибели находилась советская военная техника. По его словам, в 1994 году паром "Эстония" несколько раз перевозил грузы, которые запрещено было досматривать таможенникам.
Эти, равно как и другие многочисленные сообщения, стали причиной того, что весной 2005 года, через 11 лет после трагедии, правительство Эстонии сформировало комиссию экспертов для расследования обстоятельств гибели парома.
Ей предстояло ответить на шесть принципиальных вопросов, касающихся различных версий происшествия. Во-первых, следовало доказать или опровергнуть предположение о том, что крепления, удерживающие технику, были повреждены в результате взрыва; во-вторых, была ли для установления всех значительных повреждений в ходе водолазных работ исследована и заснята нижняя часть корпуса судна на всем его протяжении; в-третьих, были ли в показаниях спасшихся существенные противоречия; в-четвертых, имелись ли важные показания, экспертные оценки или общеизвестные факты, оставшиеся без внимания в отчете первой совместной комиссии; в-пятых, существуют ли факты, позволяющие утверждать, что какие-либо важные доказательства или исследовательские работы были скрыты от членов следственной комиссии; и, в-шестых, случались ли в Эстонии, Швеции или Финляндии другие происшествия, связанные с гибелью судов, которые были бы защищены государственной тайной любой степени.
На все вопросы, кроме третьего, были получены отрицательные ответы, что поставило под сомнение профессионализм и объективность первой совместной комиссии. Суть разногласий сводилась к следующему: часть спасшихся отметили, что перед катастрофой они слышали один сильный удар или взрыв, в то время как другие сказали, что слышали два взрыва. Исходя из этого, комиссия сделала вывод, что толкование показаний свидетелей первой совместной комиссией было произвольным.
В феврале 2009 года правительство Эстонии решило прекратить работу комиссии по расследованию гибели парома "Эстония".
Кабинет министров заслушал очередной отчет правительственной комиссии, проводившей расследование обстоятельств катастрофы, и пришел к выводу, что имеющаяся информация не сможет дать дополнительных сведений о ее причинах. В представленном отчете в качестве наиболее вероятной причины гибели парома были названы его конструктивные недостатки и тяжелые погодные условия. Это соответствует выводам международной комиссии, опубликованным в 1997 году. (РИА Новости, 19.02.2009)
В 1996 году в Таллине был открыт монумент "Прерванная линия". Его авторы — Виллу Яанисоо и Йорма Мукала. Монумент символизирует путь, прерванный на середине. Именно такое расстояние преодолел паром до своей гибели. На одном из фрагментов памятника высечена дата кораблекрушения, на другом — имена всех пассажиров судна, оставшихся на дне Балтийского моря.
Мемориал посвященный жертвам катастрофы парома "Эстония" открыт и в Стокгольме.