В новой модификации, получившей название Ту-22М3 («45-03») были заменены двигатели, внесены изменения в конструкцию воздухозаборников, был увеличен максимальный угол отклонения поворотной части крыла до 65°. Конструкция носовой части фюзеляжа также была переработана, изменена штанга топливозаправки. Спаренная двухпушечная кормовая установка была заменена на однопушечную с улучшенной аэродинамической формой. Проведён комплекс мероприятий по улучшению аэродинамических качеств и уменьшению массы пустого самолёта (в конструкциях начал широко применяться титан). Все мероприятия по уменьшению массы, даже с учетом более тяжёлых новых двигателей, должны были обеспечить общее снижение массы самолёта на 2300—2700 кг.
Первый опытный Ту-22М3, совершил первый полёт 20 июня 1977 года. После выполнения программы лётно-доводочных испытаний Ту-22М3 с 1978 года запускается в серийное производство. C 1984 года прекращается производство ранних моделей Ту-22М и в серийном производстве остаётся только модификация Ту-22М3. С 1981 по 1984 годы самолёт проходил дополнительный комплекс испытаний в варианте с расширенными боевыми возможностями. В окончательном виде Ту-22М3 принимается на вооружение в марте 1989 года.
Всего на Казанском авиационном производственном объединении было построено 268 Ту-22М3.
В декабре 1985 года начались лётные испытания дальнего самолёта-разведчика Ту-22М3Р, спроектированного на базе Ту-22М3. В 1989 году самолёт-разведчик под обозначением Ту-22МР передали в серийное производство. Построено или переоборудовано в разведывательный вариант из бомбардировщиков Ту-22М3 12 самолётов. Существовали и другие проекты развития Ту-22М на основе применения модернизированных двигателей, новых систем оборудования и вооружения — Ту-22М4 (1990 г.) и Ту-22М5.
ВВС России располагает 70 самолётами Ту-22М3, 83 самолёта имеются в распоряжении авиации Российского Военно-Морского Флота.
